CMap Tools
Esse programa gratuito (não é um free software) permite criar mapas conceituais com facilidade.
Alguns endereços onde se pode conseguir mais informações:
Tutorial UFRGS: penta2.ufrgs.br/edutools/tutcmaps/tutindicecmap.htm (online)
Tutorial UFPel: www.ufpel.edu.br/lpd/ferramentas/cmaptools.pdf (formato PDF)